Το «Πρόγραμμα Σπουδών» που εφαρμόζεται στο Γυμνάσιο είναι εκείνο που το Υπουργείο Παιδείας και το Εθνικό Συμβούλιο Παιδείας έχουν καθορίσει και για τα Δημόσια Σχολεία.  Τη σωστή εφαρμογή του προγράμματος εξασφαλίζουν οι εξής κυρίως παράγοντες:

Η πείρα και η παράδοση της Ιονίου Σχολής
Η προσωπική ικανότητα των διδασκόντων
Η ευελιξία που παρέχει το ωρολόγιο πρόγραμμα και που ακολουθεί η Ιόνιος Σχολή

Στο «Πρόγραμμα Σπουδών» υπάρχουν πρόσθετες διδακτικές ώρες στα Aρχαία Eλληνικά, τα Mαθηματικά, τα Nέα Eλληνικά, τη Φυσική, τη Xημεία, τις Ξένες γλώσσες. Έτσι επιτυγχάνεται η βαθύτερη κατανόηση της θεωρίας των μαθημάτων και γίνονται περισσότερες εφαρμογές και ασκήσεις.
 
Η διδασκαλία αναπτύσσεται και εμπλουτίζεται με προγράμματα Πληροφορικής, εποπτικά μέσα και όργανα, σύμφωνα με τους εκπαιδευτικούς και σχολικούς κανόνες.  Προσφορά της γνωστικής ύλης, εμβαθύνσεις, προεκτάσεις, συγκρίσεις, αναλύσεις και κρίσεις επιδιώκεται να γίνονται με ελκυστικό για τους μαθητές τρόπο και σε επαρκή βαθμό.  Κριτήριο αποτελεί πάντοτε η συμμετοχή του μαθητή στη σχολική εργασία και η ικανοποίηση της δίψας του να βιώνει την εξέλιξη των Επιστημών και των Τεχνών.

Επιπλέον, σε ώρες πέραν του πρωινού προγράμματος (από τις 2:30’ μ.μ. έως τις 4:00’ μ.μ. ή κάθε Σάββατο), λειτουργούν Όμιλοι Δημιουργικής Απασχόλησης, οι οποίοι δίνουν την ευκαιρία στα παιδιά να ασχοληθούν με πολλές και ποικίλες δραστηριότητες.

Θεωρούμε, τέλος, ότι το ωρολόγιο πρόγραμμα των μαθημάτων συμπληρώνεται και εμπλουτίζεται με εύστοχο και εποικοδομητικό τρόπο μέσα από ποικίλες επισκέψεις, εκδρομές και δραστηριότητες, που περιλαμβάνονται στο πρόγραμμα εξωσχολικών δραστηριοτήτων, που καταρτίζεται στην αρχή κάθε σχολικού έτους.